紫外线杀菌消毒优点是没有残留和污染，广泛被食品和饮料等行业所采用。但是，紫外线杀菌能力较弱，穿透能力小，在紫外线照射不到的地方，消毒效果不好；其杀菌能力随着使用时间的增加而减小，而且，灯管寿命短，更换过于频繁，运行费用高；紫外线在对水的消毒过程中有催化氧化的作用，容易产生亚硝酸盐超标。

化学试剂消毒，如高锰酸钾溶液、甲醛熏蒸等。甲醛熏蒸操作麻烦，时间长，有二次污染物，对人体有一定的危害，作一次甲醛熏蒸需要8个小时，残留物附着洁净室的墙壁上和设备的表面上，需要擦除。在消毒后的几天内，其悬浮粒子数会增加。

加热消毒包括干热和湿热，其缺点是温度高，能耗大，有的物品如某些原材料，仪器仪表，塑料制品等就不宜加热。

科学研究表明，臭氧具有强烈的杀菌作用。臭氧（O₃）的消毒原理是：臭氧在常温、常压下分子结构不稳定，很快自行分解在氧气（O₂）和单个氧原子（O）；后者具有很强的活性，对细菌有极强的氧化作用。臭氧的灭菌原理是：氧化细菌的细胞壁，使细胞内的细胞质流出，杀死细胞内的活性酶，分解遗传物质DNA和RNA，从而致死病原菌。多余的氧原子则会自行重新结合成为普通氧分子（O₂），不存在任何有毒残留物，故称无污染消毒剂，它不但对各种细菌（包括肝炎病毒，大肠杆菌，绿浓杆菌及杂菌等）有极强的杀灭能力，而且对杀死霉菌也很有效。另外，在我国卫生部1991年颁布的“消毒技术规范”中，对臭氧的杀菌作用，使用范围及使用方法都有明确的规定。其中，对臭氧的杀菌作用作了明确的肯定：“4.12.2杀菌作用：臭氧是一种广普杀菌剂，可杀灭细菌繁体和芽胞，病毒，真菌等，可破坏肉毒杆菌毒素。臭氧在水中的杀菌速度较氯快。”

以上这些都是我们国家的法规，很有效力，也是我们臭氧工作者进行宣传的依据。对推广臭氧技术非常有利。

臭氧属于广谱杀菌，对大肠杆菌、沙门氏菌、金色葡萄球菌、乙肝病毒、痢疾菌、霉菌、枯草杆菌等都具有强力的杀灭作用。