臭氧属于有害气体，浓度为6.25×10^-6mol/L（0.3mg/m³）时，对眼、鼻、喉有刺激的感觉；浓度（6.25～62.5）×10^-5mol/L（3～30mg/m³）时，出现头疼及呼吸器官局部麻痹等症；臭氧浓度为3.125×10^-4～1.25×10^-3 mol/L（15～60mg/m³） 时，则对人体有危害。其毒性还和接触时间有关，例如长期接触1.748×10^-7mol/L（4ppm）以下的臭氧会引起永久性心脏障碍，但接触20ppm以下的臭氧不超过2h，对人体无永久性危害。因此，臭氧浓度的允许值定为4.46×10^-9mol/L（0.1ppm）8h。由于臭氧的臭味很浓，浓度为4.46×10^-9mol/L（0.1ppm）时，人们就感觉到，因此，世界上使用臭氧已有一百多年的历史，至今也没有发现一例因臭氧中毒而导致死亡的报道。

臭氧具有很强的氧化性，除了金和铂外，臭氧化空气几乎对所有的金属都有腐蚀作用。铝、锌、铅与臭氧接触会被强烈氧化，但含铬铁合金基本上不受臭氧腐蚀。基于这一点，生产上常使用含25%Cr的铬铁合金（不锈钢）来制造臭氧发生设备和加注设备中与臭氧直接接触的部件。

臭氧对非金属材料也有了强烈的腐蚀作用，即使在别处使用得相当稳定的聚氯乙烯塑料滤板等，在臭氧加注设备中使用不久便见疏松、开裂和穿孔。在臭氧发生设备和计量设备中，不能用普通橡胶作密封材料，必须采用耐腐蚀能力强的硅橡胶或耐酸橡胶等。